Es una extrapolación lógica de su característica canon de saber que están en un manga. Yukari no es que "descubre" que es ficticia o algo así - los personajes tienen acceso al manga, comentan sobre las tropes del josei, saben cuántas páginas están usando, etc. Lo que tienen, sin explicación alguna, es una consciencia sobre en qué medio están.
Que Yukari sepa que está en un RPG es exactamente lo mismo: sabe en qué medio está. Es lo único que sabe. Que está en un RPG. No sabe cosas sobre los otros musos*, no sabe qué pasa en otras threads, no sabe qué va a pasar en el próximo evento. Tampoco es algo que salga a relucir sin antes hablarlo con el otro jugador. Si en algún momento hice eso, fue un error mío y voy a ser muy cuidadosa en el futuro.
* Excepto algunos casos muy, muy reducidos que es lo mismo que cualquier personaje sorprendiéndose que comparte mundo con Superman y no está relacionado a la Cuarta Pared.